Forschungsschwerpunkte von Prof. Müller sind u.a.:
- Seelsorgelehre
- Martyria (Zeugnis) als pastoraler Grundvollzug
- Geschichte der Pastoral und der Pastoraltheologie
- Berufungspastoral
- Selbstverständnis und Profil der pastoralen Berufe
- Christliche Spiritualität